市場上GPS時鐘服務器質量有很大差異(GPS時鐘服務器模塊質量的差異、內置恒溫晶振晶振的差異、開關電源的選擇、CPU的冗余設計)，在對時精度上都有一定的偏差，價格性能更是參差不一，如何根據自己的需求來選擇GPS時鐘服務器，主要根據如下幾個要素：
1、授時精度，雖然各型GPS時鐘服務器模塊都說精度達到30ns，這個精度指標是有條件有前提的，通常是指在一定的概率下，而將它開發成授時設備，其精度需要重新評估和界定。
比如開發成串口授時型的GPS時鐘服務器，按照9600波特率，其發一個字節的時間即100μs，再加上用戶PC或者其他CPU解調的時間差，精度肯定在ms級別。如果再做不好，精度到幾百毫秒都很有可能。如是NTP網路協議輸出，根據協議計算，精度就是0.1ms-100ms了。脈沖信號、IRIG-B信號的精度是可以做到GPS時鐘服務器模塊的精度的。
2、GPS脈沖不是在每一秒都保證在精度范圍內，所以一般要將GPS的秒脈沖用來馴服晶振，通過晶振分頻來再生秒脈沖，這樣就克服了GPS秒脈沖的不確定性。當然選擇什么精度的晶振也影響到zui終產品的價格。
3、時間源的選擇，時間源有GPS、北斗、B碼、NTP、CDMA、OCXO、原子鐘等，可以選擇單源授時，也可選擇多源授時。多源授時更可靠，但價格更貴。
4、時間保持單元，當GPS時鐘服務器模塊接收不到衛星信號時，該單元提供內部時鐘信號，保證時鐘裝置仍能保持一定的準確度。當GPS時鐘服務器模塊接收衛星信號恢復時，自動切換到正常狀態工作。時間保持單元一般選用溫補晶振、恒溫晶振、銣原子鐘等器件及相應的外圍馴服電路。
5、開關電源，品牌時鐘廠家都會選擇高性能、寬范圍的品牌開關電源。GPS時鐘服務器一般屬于24小時不間斷運行的設備，其可靠性要求很高，建議選用雙電源冗余供電。
6、GPS時鐘服務器結構，建議選擇全模塊化即插即用結構設計的時鐘設備，這樣配置更靈活，維護更方便，同時為將來現場網絡改造擴建時增加對時端口提供了方便。
7、GPS時鐘服務器常用的對時接口，有脈沖信號(1PPS、1PPM、1PPH，空接點、差分、TTL、24V/110V/220V有源、光)、IRIB-B信號(TTL、422、232、AC、光)、DCF77信號(有源、無源)、時間報文(RS232、RS422/485、光)、NTP/PTP網絡時間信號，客戶可根據現場情況選擇合適的接口種類和接口數量。
8、天線長度的選擇，客戶應根據現場GPS時鐘服務器天線的實際走線情況，估算出天線饋線的長度，采購相應長度的天線。因為天線電纜長度是根據天線增益嚴格設計，不能剪斷、延長、縮短或加裝接頭，否則將嚴重影響接收效果甚至收不到信號。一般時鐘廠家天線默認長度為30米。
